CakePHP 3からは、Datasource設定でprefixの指定ができなくなっています。

マニュアルを見ても設定オプションにprefixがない。

Database Basics — CakePHP Cookbook 3.x documentation

関連する議論は全部読んでないけど、このあたり。

3.0 Implement connection prefixes · Issue #2666 · cakephp/cakephp

[wip] 3.0 - Implement connection prefixes (#2666) by HavokInspiration · Pull Request #3843 · cakephp/cakephp

WIP - 3.0 - Connection prefix by HavokInspiration · Pull Request #4505 · cakephp/cakephp

3.1で復活するのかどうなのか。

prefixを付けたい場合は、@lorenzo さんのTIPSが参考になるかも。

For people still wanting support for prefixes in their tables, there is a way to support it using events. This will probably work for all table operations. Add it to your bootstrap.php file:

EventManager::instance()->on('Model.initialize', function ($event, $instance) {
    $instance->table('prefix_' . $instance->table());
});