/company/{:company_id}/employee/{:employee_id}
それ、Router::resources()のネストでできるよ。
http://book.cakephp.org/3.0/en/development/routing.html#creating-nested-resource-routes
Entityのsetter/getter問題
それ、Custom Typesの定義で解決できるよ。
http://book.cakephp.org/3.0/en/orm/database-basics.html#adding-custom-types
Modelless Form
今回触れられていないけど、個人的にはこれがCakePHP3で一番の目玉機能。一般的なフォームからの入力処理だけでなく、API経由での入力処理や、_execute中で複数のTable扱ったり色々可能性が拡が（文字数
http://book.cakephp.org/3.0/ja/core-libraries/form.html
Entity::dirty()
これもあんまり触れられないけど、beforeSave/afterSaveとかで変更する／した値だけ取り出せて便利。変更履歴用途とか。
http://book.cakephp.org/3.0/en/orm/entities.html#checking-if-an-entity-has-been-modified
もっとメガドラTシャツに触れて欲しかったですが、こちらからは以上です。